Jako členský stát je ČR zastoupena ve všech stěžejních institucích EU. Zatímco premiér nebo prezident zastupují Českou republiku v Evropské radě, v Radě Evropské unie a jejích orgánech prosazují české zájmy vládní ministři a úředníci. Evropské smlouvy dále zajišťují post Čechovi v Evropské komisi a přisuzují České republice 22 členů Evropského parlamentu, 12 zástupců v Hospodářském a sociálním výboru a ve Výboru regionů a jednoho soudce v každém z evropských soudů. ČR má svého zástupce také v Radě guvernérů a Správní radě Evropské investiční banky a Evropském systému centrálních bank.

Úřednické pozice

Mnoho Čechů pracuje v Evropské unii také na pozici úředníků. Zpočátku nebyl o tuto práci příliš zájem, ovšem v roce 2009 bylo v administrativním systému EU zaměstnáno více než tisíc Čechů. Vedoucí pozice však zastává jen malý počet Čechů, což snižuje kapacitu možností prosazovat v rámci Evropské unie české zájmy. Jednou z příčin je selhání české vlády v aktivní podpoře vlastních lidí v rámci evropských struktur, jak je to běžné v případě jiných členských států Evropské unie.

Evropská komise

Tato instituce má nadnárodní charakter a je politicky nezávislá na členských státech. Komisaři by měli jednat ve prospěch Komise a prosazovat zájmy EU jako celku. Otázkou ale zůstává, zda tomu tak ve skutečnost opravdu je. Přestože Komisi jako celek musí schválit Evropský parlament, jednotliví kandidáti na komisaře jsou jmenováni členskými státy, takže mohou být svými národními vládami ovlivňovány. ČR byla kritizována za to, že se stala jedinou přistupující zemí bez kandidáta na komisaře. Teprve na základě důrazné výzvy předsedy Komise a dopisu české vládě, se pod tímto tlakem vláda dohodla na Pavlu Teličkovi, který byl jmenován do funkce 1.5.2004 s mandátem do roku 2009. Brzy byl však odvolán a nahrazen bývalým premiérem Vladimírem Špidlou. V letech 2004-2009 působili v Komisi vedle Špidly i další Češi.